Морская и портовая администрация
В 1700 году вместо упраздненного владимирского судного приказа, «ведавшего морские дела», учрежден был для той же цели в Москве «Приказ адмиралтейских дел», или «Адмиралтейский приказ». При начале кораблестроения на Сяси и Олонецкой верфи оно поручено было ингерманландскому губернатору А. Д. Меншикову; корабельным флотом и адмиралтейством начальствовал вице-адмирал Крюйс, а галерным – шаутбенахт граф Боцис. Но все эти отдельные управления, как части того же морского ведомства, подчинялись адмиралу графу Ф. А. Головину, а по смерти его Ф. М. Апраксину. За отсутствием последнего, иногда, как например в 1711 году, место его по управлению Балтийским флотом занимал Меншиков. В 1712 году вместо Московского Приказа адмиралтейских дел учреждена в Петербурге «Военная морского флота канцелярия», а в Москве осталась «Московская адмиралтейская контора», деятельность которой имела преимущественно хозяйственный характер. В 1715 году образован морской комиссариат и учреждена должность обер-штер-кригс-комиссара, на которую назначен генерал-майор Чернышев, и под начальство его поступила Военная морского флота канцелярия, заведывавшая всею хозяйственною частью морского ведомства. Ей подчинены были различные конторы, получившие название соответственно роду их занятий: военная, провиантская, мундирная и т. п. Одновременно с учреждением комиссариата, Крюйсу поручено было кораблестроение и портовое управление с принадлежащими к ним людьми и припасами. Суда, окончившие кампанию, сдавались к порту и поступали в ведение Крюйса, обязанность которого была наблюдать за их сохранением и починкою; а при наступлении весны вооружать их и приготовлять к выходу на рейд, причем суда передавались опять в ведение линейных морских чинов: капитанов и флагманов. Чернышеву подчинялись обер-комиссары, провиантмейстеры и т. п. чины; Крюйсу – корабельные и прочие мастера, обер-экипажмейстеры, экипажмейстеры и все лица им подчиненные. Частями управления, порученными Крюйсу, заведывала петербургская «Адмиралтейская контора», с подчиненными ей канцеляриями: адмиралтейской, экипажеской и обер-сарваерской (кораблестроительной).
В 1718 году морская администрация получила более правильное устройство учреждением «Адмиралтейств-коллегий», представлявшей высшее административное место морского управления. Коллегия подчинялась правительствующему сенату, ей поручено было управление всем морским ведомством и предоставлены самые обширные права. Президентом или председателем коллегии был генерал-адмирал Апраксин, вице-президентом – вице-адмирал Крюйс, членами – обер-штер-кригс-комиссар и несколько флагманов. Порядок решения дел был коллегиальный. Под ведением коллегии, для ближайшего управления различными отраслями морской деятельности, находилось несколько контор и канцелярий, как например: военно-морская, адмиралтейская, обер-сарваерская, подрядная, контролерская, аудиторская и пр.
Управление главными портами сначала поручалось флагману зимующих в порте судов, а потом, по издании регламента, положены были в портах должности главных командиров портов, капитанов над портами, их помощников и других отдельных начальников, управления которых образовали портовые конторы. Начальниками второстепенных портов назначались морские офицеры с половинным жалованьем.