Семь лет междупатриаршества
Некоторая дезорганизованность русской церкви, как последствие Смуты, не вдохновляла еще ни русских епископов, ни патриотические верхи нового правительства к избранию нового патриарха. Моральная роль, исповеднический плен митр. Филарета и уже заявлявшаяся им и легитимной партией боярства мысль о «Мише» Романове, останавливали и политическое и церковное мнение на кандидатуре в патриаршество высокородного м. Филарета. Посему Освященный Собор решил прибегнуть к временной выжидательной форме высшего управления русской церковью. Ближайшим соадминистратором при патриархе был, по своему положению, митрополит Крутицкий. Таковым был в это время Пафнутий. Ему и вручено было председательство в Освященном Соборе на переходное время. По смерти Пафнутия в порядке старшинства должен был бы возглавлять Освященный Собор м. Новгородский Исидор. Но он был отделен от Москвы шведской оккупацией. Следующим за ним по чести митрополитом был Ефрем Казанский. Он и возглавил церковное правительство.
В течение ближайших месяцев, по соборному сговору земских людей с боярством, соглашено было поставить и венчать царем молодого Михаила Федоровича Романова.
Процедура избрания его произошла 21-го февраля 1613 г. в неделю православия, а 11-го июля в Успенском соборе совершено было и царское венчание его митрополитом Ефремом. Митр. Ефрему принадлежала в это время полнота патриаршей роли. Так, его подпись стоит первой в ряду русских иерархов в правительственном обращении к городам: — об исполнении постановлений Земского Собора по сбору денежного и натурального обложения на содержание армии. Под самой Уложенной Грамотой об избрании на царство Михаила Федоровича Романова стоит также во главе подпись м. Ефрема. В конце этого года м. Ефрем скончался, и возглавление Освященного Собора перешло по обычному положению в руки недавно поставленного митр. Крутицкого Ионы, человека по всем признакам без широкого горизонта. По воцарении Михаила Федоровича все привыкли к мысли, что никому другому теперь неприлично быть рядом с молодым царем в звании патриарха, кроме плененного отца царя — Филарета. Переговоры с поляками об этом начались. В письме к отцу 1614 г. царь Михаил обращается к Филарету, как уже нареченному первосвятителю: «старейшему и превысочайшему священноначалием отцу отцем». В церковных молитвословиях также установлено было поминовение, наряду с царским именем, и имени «Великого Государя Филарета, митрополита Московского и всея России». Титул многозначительный. С одной стороны, Освященный Собор через это отрешил Филарета от митрополии Ростовской и присвоил ему, конечно, временно, титул «митрополита Московского и всея Руси», т. е. титул верховного главы всей Русской Церкви, как он звучал до установления патриаршества. А с другой стороны, очевидно, повелением царской власти, Филарету, как отцу царя, дан светский титул «Великого Государя» в предположении предоставляемых ему исключительных прав соучастия в актах высшей государственной власти. По византийской теократической системе это имело свои основания и смысл, как преходящее исключительное положение, неопороченное никаким даже привкусом неканонического захвата светской власти. Аналогичное положение уже было раз в истории русской церкви и государства при формальном поручении регентских прав митрополиту Алексию в малолетство Димитрия Донского. Через такое оформление междупатриарший перерыв в принципе уже кончился, и ожидали только физической возможности возврата из плена избранного патриарха. Патриаршая область в бумажном делопроизводстве управлялась именем Филарета. Вятка, например, церковно числилась за патриархом, и вот царь Михаил, жалуя несудимой грамотой Вятскую церковь святителя Николая, пишет: «а кому будет что искати на самих никольских попех и дьяконех, ино их судит отец наш и богомолец Филарет митрополит всея Русии, по священным правилам и по соборному уложению». На антиминсах этого времени в патриаршей епархии писалось так: «при благоверном царе Михаиле Федоровиче и при митрополите Филарете московском и всея России».