Борьба за власть. Опала
Все эти местнические свары, уколы, можно полагать, не принесли особых переживаний боярину Федору. За ними последовали события куда более неприятные. Кончина царя Федора, тихого и благонравного, восшествие на престол Годунова привели вскоре к изменению в расстановке политических сил, симпатий и антипатий. Началась, как всегда в таких случаях, борьба разных группировок за власть и влияние. Победа Бориса, при поддержке «великой государыни» Ирины Федоровны, его сестры, вдовы усопшего монарха, и патриарха Иова, его же ставленника, неизбежно столкнула нового царя с придворной знатью, более «породной» и не менее честолюбивой, чем он. Не последнее место в этой среде занимал и Ф. Н. Романов, двоюродный брат царя Федора. Поначалу царь Борис отмечал Федора Никитича среди других вельмож. Поговаривали при этом, что он дал ему страшную клятву в том, что боярин будет при нем братом и помощником в управлении государством. Но добавляли, что делал это Годунов с той целью, чтобы Романовы сами не помышляли о царском троне. К тому же ходили слухи о том, что царь Федор, умирая, выразил желание, чтобы именно они унаследовали престол; называл как будто при этом имя боярина Федора Никитича.
Соответствовало ли все это истине — никто не ведает. Во всяком случае, Годунов видел в боярине Федоре Никитиче и его родне опасных соперников. И недвусмысленно это показал. Известно, что при всех своих способностях и уме царь отличался мнительностью, подозрительностью, склонностью к доносчикам, ведунам, чародеям. Получил он донос и на Романовых: второй Бартенев, холоп и казначей брата боярина Федора — Александра Никитича Романова, пробрался однажды тайком к ближайшему родственнику царя дворецкому Семену Годунову, и оба они, по указанию самого правителя, разложили по мешкам какие-то коренья, и слуга-предатель подбросил их в кладовую своего господина. Потом донес об «отравном зелье», и царь тут же послал для обыска одного из Салтыковых. Тот нашел мешки, доставил их к патриарху на двор. При многих собравшихся людях коренья высыпали на всеобщее обозрение. Привели и Федора Никитича с братьями. Поднялся в толпе сильный шум; аки звери лютые, „пыхали“ бояре на Романовых, и они не могли, из-за многоголосия, криков, ничего сказать в свое оправдание. Их самих, родственников, друзей (Черкасских, Перниных, Сицких, Шестуновых и других) взяли под стражу. Романовых и одного из Черкасских — князя Ивана Борисовича, их племянника, даже пытали, и не единожды. То же — и с их „людьми“, которых принуждали наговаривать на своих владельцев; но они, к их чести, оказались стойкими.