Лжедмитрий II
Крушение первого самозванца и появление Лжедмитрия II («тушинского вора») заставили Филарета поволноваться. Однажды в Ростов, где он тогда находился, ворвались поляки Сапеги и казаки (11 октября 1608 года). Ростовцы упорно отбивали штурмы тушинцев. Но последние в конце концов захватили город. Филарет с толпами простого народа закрылся в соборной церкви. Враги добрались и туда; сломав двери, вошли в храм. Митрополит пытался, выйдя к ним с хлебом и солью, увещевать их. Но бесполезно — захватчики презрели его моления, убили многих людей, надругались над святынями и самим владыкой. Печально было и то, что в бесчинствах активно участвовали переяславцы (из Переяславля-Залесского, давней родовой вотчины Александра Невского, его отца и деда, тогдашнего центра княжества) — давние враги, недоброжелатели ростовцев.
Захваченного в плен митрополита «с бесчестием" повезли в Тушино под Москвой, в лагерь второго самозванца. Перед тем переяславцы сорвали с него архиерейское облачение, надели какую-то сермягу, на голову — татарскую шапку. На воз вместе с ним посадили женщину. В Тушине после только что пережитых потрясений, позора и унижений Филарета ждали почести, правда весьма сомнительного свойства. Лжедмитрий II объявил ростовского митрополита, своего „родственника“ (ведь мнимый „царевич Дмитрий“ — родной брат царя Федора Ивановича, двоюродного брата Федора — Филарета Романовича), патриархом Московским и всея Руси. Тот не мог, конечно, отказаться; рассылал грамоты по уездам, захваченным тушинцами. Одна из них начинается словами: «Благословение великого господина преосвященного Филарета, митрополита ростовского и ярославского, нареченного (самозванцем! — В. Б.) патриарха Московского и всея Руси».
Филарет подчинился обстоятельствам, как и при первом самозванце. Как тогда он, исполняя, несомненно, поручение Лжедмитрия I, ездил за мощами царевича Дмитрия в Углич, так и теперь, по повелению Лжедмитрия II, играл роль патриарха. Вел себя осторожно; «был, по словам А. Палицына, келаря Троице-Сергиева монастыря, разумен, не склонялся ни направо, ни налево». Богослужения проводил, называя при этом «тушинского вора» Дмитрием-царем.
Деликатность ситуации для него, помимо прочего, — в том, что в Москве патриарший престол занимал Гермоген, бесстрашно разоблачавший бесчинства интервентов, патриот России. Этот «настоящий» святитель Русской Православной Церкви в своих грамотах, рассылавшихся к народу, ругал изменников; но не делал этого по отношению к Филарету — он, мол, находится в Тушине не по своей воле, а по принуждению. Гермоген не осуждает его, а молит за него Бога («а которые взяты в плен, как Филарет митрополит и прочие, не своею волею, а силою, и на христианский закон не стоят, крови православных братий своих не проливают; таких мы не порицаем, но молим о них Бога»; февраль 1609 года). Такое отношение московского патриарха и царя В. И. Шуйского не давало как будто оснований считать Филарета «тушинским перелетом», каких тогда нашлось немало.