Синод
К Коллегиям примыкало несколько учреждений, тоже, по существу, являвшихся таковыми. Таков, например, Синод (учрежден в 1721 году) — центральный орган управления церковными делами и имениями. После смерти в 1700 году патриарха Адриана Петр вместо выборов нового пошел на весьма любопытный и характерный для его взглядов и целей шаг — назначил митрополита Стефана Яворского «местоблюстителем» патриаршего престола. Затем издал 30 декабря 1701 года указ, который означал проведение важной церковной реформы. Он создает Монастырский приказ во главе со светским человеком — бывшим воеводой Астрахани Мусиным-Пушкиным, и это учреждение берет на учет все имущество черного и белого духовенства, распоряжается им. Каждому монаху, любого чина, выделяется на прокормление десять рублей денег и десять четвертей хлеба. А монастырские вотчины делят на две категории: с «определенных» доходы идут на нужды монастырей, с «заопределенных», управляемых служащими Монастырского приказа, — в казну. Тем самым Петр осуществляет частичную секуляризацию. Эти меры Петр отменил в 1721 году, но в то время, когда они проводились в жизнь, доход был казне немалый (один миллион рублей за первые десять лет), и, главное, была подорвана экономическая мощь и политические претензии Церкви.
Феофан Прокопович, один из церковных иерархов, помощник царя, пишет Духовный регламент с обоснованием необходимости заменить патриарха коллегиальным учреждением. Но церковные иерархи, собравшиеся на заседание в присутствии царя, стоят за то, чтобы выбрать патриарха. Петр извлек из кармана сочинение Прокоповича:
«Вы просите патриарха, — вот вам духовный патриарх!» Петр вынул из ножен кортик, хлопнул им по столу, закончил:
«А противомыслящим вот булатный патриарх!" Вопрос был решен в духе, угодном монарху, не склонному терпеть возле себя патриарха, который бы вмешивался в дела светские. Во главе Синода Петр поставил Стефана Яворского, человека престарелого, который через год умер; вице-президентом новой коллегии, на этот раз духовной, стал его верный Прокопович, написавший в Духовном регламенте о том, чтобы иерархам „в мирские дела и обряды не входить ни для чего“. Главную же руководящую роль в Синоде играл обер-прокурор, лицо светское, подчиненное царю. Петр, таким образом, полностью подчинил Церковь своей власти.
Особой коллегией стал и Главный магистрат — центральное учреждение для управления городами. Учредил его Петр в 1721 году с целью, как он объявил, «всего российского купечества рассыпанную храмину паки собрать». На местах ему подчинялись городовые магистраты. Они пришли на смену Ратуше и земским избам, деятельность которых давно заглохла. Задача новых учреждений — исполнение административно-полицейских функций в городах, защита интересов купечества, помощь в развитии мануфактур. Членов городовых магистратов полностью избирали горожане. Часть членов Главного магистрата тоже состояла из выборных членов (из «первостатейных, добрых, прожиточных людей», есть лиц богатых и достойных доверия властей).
Политическим сыском по-прежнему занимался Преображенский приказ. Он сохранил свои функции и название, и в его дела не могли вмешиваться ни Сенат, ни Юстиц-коллегия. Он выявлял и жестоко карал всякую крамолу — умысел на жизнь и честь монарха, «хулительные слова» против него, всякие «непристойные и подозрительные сходбища и собрания».
Коллегиальная система значительно отличается в лучшую сторону от старой приказной, несмотря на последующие переделки: Ревизион-коллегия слилась, как контрольный орган, с Сенатом; бывший Поместный приказ, ведавший дворянскими землями и подчиненный Юстиц-коллегии, выделился в особую Вотчинную коллегию. Кроме того, рядом с коллегиями существовали или подчинялись им новоустроенные конторы, канцелярии, главные управления. Петр, по меткому замечанию Ключевского, «не мог сладить с наследственной привычкой к административным боковушам, клетям и подклетям, какие любили вводить в свое управление старые московские государственные строители, подражая частному домостроительству». Так, к примеру, наряду с Воинской коллегией существовали Главная провиантская и Артиллерийская канцелярии, Главный комиссариат, занимавшийся вопросами комплектования и обмундирования армии.