Изменения в армии
Необходимым условием войны на прусский манер Петр III считал введение в российских войсках прусской формы и муштры. Начал он с гвардии, пребывавшей до того времени в лени и распущенности. Вообще Петр не любил гвардейцев, называл их не без основания «янычарами» и говорил: «Они только блокируют резиденцию, не способны ни к какому труду, ни к военным экзерцициям и всегда опасны для Правительства». С начала его царствования гвардейские полки были подчинены строгой дисциплине и ежедневно «экзерцировали» под личным наблюдением императора, который нередко «учил» нерадивых солдат и офицеров тростью. Введенную Петром Великим гвардейскую форму его внук заменил на короткие и узкие кафтаны прусского образца.
Упоминавшееся выше назначение гвардейскими полковниками Георга Людвига, Трубецкого, Разумовского и Шувалова было, по словам Екатерины II, воспринято полками как «громовой несносный удар»: ведь раньше во главе их стоял сам император. Двадцать первого марта Петр III ликвидировал Лейб-компанию — особо привилегированное гвардейское соединение, состоявшее из участников возведения Елизаветы Петровны на престол. Ходили слухи о намерении императора совсем упразднить гвардию и заменить ее голштейнским войском. По удачному выражению Рюльера, «негодование скоро овладело гвардейскими полками, истинными располагателями престола». Последней каплей в чаше их возмущения стало решение Петра III об отправке гвардии на войну с Данией.
Не меньшее недовольство император вызывал у православного духовенства, которое не желало примириться с потерей своих земель и крепостных. Кроме того, Петр III не выказывал должного уважения к традициям и обрядам русской Церкви и даже дал повод обвинить себя в намерении ввести в России протестантизм. Этот вопрос весьма запутан в литературе и источниках, которые содержат противоречивые мнения даже об отношении Петра к религии вообще. Если Екатерина II утверждала, что «никогда не знала атеиста более совершенного на деле, чем этот человек", и добавляла, что он при этом отличался суеверием, то, по словам Штелина, Петр III „не любил никаких шуток над Верою и словом Божиим“ и был „чужд всяких предрассудков и суеверий“. Миних писал: „Никому не ведомо, каковы были внутренние религиозные убеждения императора, но известно всем, что во время богослужения он был обыкновенно очень невнимателен и, ко всеобщему соблазну, подходил то к одной даме, то к другой, чтобы поговорить с ними“.